W typowej syntezie DNA, RNA i nienaturalnych kwasów nukleinowych etap odbezpieczania i sprzęgania odgrywa kluczową rolę.
Etap odbezpieczania polega na usunięciu grupy DMT na stałym nośniku lub grupie hydroksylowej 5' na poprzednim nukleozydzie kwasem organicznym i odsłonięciu grupy hydroksylowej do następnego etapu sprzęgania.Do przeprowadzenia etapu odbezpieczania najczęściej stosuje się 3% kwas trichlorooctowy w dichlorometanie lub toluenie.Stężenie kwasu trichlorooctowego i czas odbezpieczania (czas odblokowywania) decydują o czystości produktów końcowych.Niskie stężenie i niewystarczający czas odblokowywania pozostawiają nieprzereagowane grupy DMT, które zmniejszają wydajność i zwiększają niepożądane zanieczyszczenia.Długi czas odblokowania może prowadzić do depuryny syntetyzowanych sekwencji, tworząc nieoczekiwane zanieczyszczenia.
Etap sprzęgania jest wrażliwy na zawartość wody w rozpuszczalnikach i wilgoć w powietrzu.Stężenie wody w syntezie powinno być mniejsze niż 40 ppm, lepiej mniej niż 25 ppm.Aby zachować warunki syntezy bezwodnej, synteza kwasów nukleinowych powinna odbywać się w środowisku o niskiej wilgotności, dlatego zalecamy naszym klientom stosowanieSprzęt do rozpuszczania amidytów, który może rozpuszczać sproszkowany lub oleisty fosfoamidyt w bezwodnym acetonitrylu, aby uniknąć kontaktu z powietrzem.
Ponieważ rozpuszczanie fosforoamidytów jest lepsze w sytuacji bezwodnej, a pułapki molekularne adsorbują śladową ilość wody w odczynnikach i amidycie, konieczne jest przygotowaniepułapki molekularne.Zalecamy 2 g podsito dla butelek odczynników 50-250 ml, 5 g dla butelek odczynników 250-500 ml, 10 g dla butelek odczynników 500-1000 ml i 20 g dla butelek odczynników 1000-2000 ml.
Rozpuszczanie fosforoamidytów powinno odbywać się w atmosferze obojętnej, a wymiana odczynników aktywujących i acetonitrylu powinna być zakończona na czas.Odczynniki Capping i Utlenianie należy zużyć jak najszybciej, otwarte odczynniki dają krótszy okres przydatności do spożycia i mniejszą aktywność podczas syntezy.
Czas postu: 09-08-2022